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./ ├── data │   ├── annotation │   │   └── gtf │   │     ├── lncRNA.gtf │   │     ├── miRNA.gtf │   │     ├── mRNA.gtf │   │     └── hg38.gtf │   ├── fastq │   │   ├── sample_1.fastq │   │   ├── sample_2.fastq │   │   └── sample_3.fastq │   ├── chrom_sizes │   │   ├── lncRNA │   │   ├── miRNA │   │   ├── mRNA │   │   └── hg38 ├── metadata │   ├── sample_classes.dataset.txt │   └── batch_info.dataset.txt ├── output │   ├── tbam │   │   └── sample_1 │   │   ├── lncRNA.bam │   │      ├── mRNA.bam │   │      └── miRNA.bam │   ├── gbam │   │   └── sample_1 │   │      ├── lncRNA.bam │   │      ├── mRNA.bam │   │      └── miRNA.bam │   ├── feature_selection │   │   └── dataset │   │      └── Normal-HCC │   │         └── model1 │   │            ├── features.txt │   │            ├── metrics.txt │   │            ├── feature_importances.txt │   │            ├── best_model.pkl │   │            └── evaluation.h5 │   ├── report │   │   ├── dataset │   │   │   ├── dataset.html